员工代收款后公司开票是否合法需分情况讨论，具体如下：

1. 若员工代收款行为属于职务行为，且公司对收款事实知情并认可
   根据《民法典》第170条，执行法人工作任务的人员（如员工）以法人名义实施民事法律行为，对法人发生效力。此时员工代收款本质是公司收款，公司作为实际交易主体开具发票符合《发票管理办法》第19条“销售商品、提供服务应向付款方开具发票”的规定，合法有效。例如：公司授权员工代收客户货款，后续公司以自身名义开具发票，流程合规。

2. 若员工代收款行为超出职务范围，或公司不知情/未追认
   此时可能涉及两种风险：

   • 税务风险：若员工以个人名义收款但公司开具发票，可能被税务机关认定为“三流不一致”（资金流、发票流、货物流不匹配），涉嫌虚开发票（《发票管理办法》第22条）。例如：员工私自代收货款未上交公司，公司却向客户开具发票，可能面临罚款甚至刑事责任。
     
   • 民事风险：若员工未将款项转交公司，公司可能因未实际收款而无法履行合同义务，需向客户承担违约责任；同时员工可能构成职务侵占或挪用资金（《刑法》第271条、第272条）。

实务建议：

• 公司层面：完善财务制度，明确代收款流程（如要求员工代收后24小时内转交公司账户），避免资金混同；开具发票时确保“三流一致”，即合同签订方、收款方、开票方名称一致。
  
• 员工层面：若需代收款，应取得公司书面授权，并严格按流程操作，避免个人账户长期滞留公司款项。
  

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