用材料发票代替工程款是不合法的。下面我将对此进行详细分析：

一. 发票性质与用途

1. 发票定义：发票是购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。根据《中华人民共和国发票管理办法》第三条，发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
2. 工程款与材料款区别：工程款是承包人进行工程施工后，发包人按照合同约定支付的款项，通常包括人工费、材料费、机械费等。而材料款仅指购买材料所支付的款项。两者在性质、用途和支付方式上均有明确区别。

二. 法律法规依据

1. 税收管理：根据税收管理相关法律法规，发票的开具应当与实际交易相符，不得虚开、代开或伪造。用材料发票代替工程款，可能涉嫌虚开发票，违反税收管理规定。
2. 合同履行：在工程建设合同中，通常会明确约定工程款的支付方式、时间和金额。用材料发票代替工程款，可能违反合同约定，构成违约行为。

三. 实际影响

1. 税务风险：虚开发票可能导致税务部门对企业进行查处，引发税务风险，包括补缴税款、滞纳金、罚款等，甚至可能触犯刑法。
2. 财务混乱：用材料发票代替工程款，可能导致企业财务账目混乱，无法真实反映企业的财务状况和经营成果。

综上所述，用材料发票代替工程款是不合法的，可能涉嫌虚开发票和违反合同约定。我建议企业应严格按照合同约定和税收管理规定开具和接受发票，确保交易的真实性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。