针对您提出的“个体工商户老板不是法人，老板直接向员工发放工资，员工如何起诉认定劳动关系”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、明确劳动关系主体

首先，需要明确的是，劳动关系的主体是劳动者与用人单位，而非取决于老板是否为法人。在个体工商户的情境下，即使老板不是法人，只要其与个体工商户存在管理或实际控制关系，且您作为员工为该个体工商户提供了劳动，那么您与该个体工商户就形成了劳动关系。

二、收集证据

为了证明您与个体工商户之间存在劳动关系，以及老板拖欠工资的事实，您需要收集以下证据：

1. 劳动合同：如果您与个体工商户签订了劳动合同，那么这是最直接的证据。
2. 工作证、服务证等：这些证件可以证明您是该个体工商户的员工。
3. 考勤记录：如打卡记录、签到表等，可以证明您的工作时间和出勤情况。
4. 工资条、转账记录：这些可以证明老板直接向您发放了工资，以及工资的数额和发放时间。
5. 聊天记录、邮件等：如果您与老板或个体工商户的其他管理人员有关于工作、工资等方面的聊天记录或邮件，也可以作为证据。

三、申请劳动仲裁

在收集了足够的证据后，您可以向劳动合同履行地或用人单位（即个体工商户）所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，您需要提交仲裁申请书、证据材料等。仲裁委员会将受理您的申请，并安排开庭审理。

四、起诉至法院

如果您对仲裁结果不服，可以在规定期限内向法院提起诉讼。在起诉时，您需要提交起诉状、证据材料等。法院将受理您的起诉，并安排开庭审理。在审理过程中，您需要充分陈述自己的诉求和理由，并提供相应的证据来支持自己的主张。

五、注意事项

1. 劳动争议案件需先仲裁前置：这意味着在提起诉讼之前，您必须先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
2. 证明劳动关系及工资拖欠事实：这是起诉的关键。您需要提供足够的证据来证明您与个体工商户之间存在劳动关系，以及老板拖欠工资的事实。
3. 应对公司财产转移等情况：在起诉过程中，您需要关注个体工商户的财产状况，以防其转移财产导致无法执行判决。

综上所述，即使个体工商户的老板不是法人，只要您能证明与该个体工商户存在劳动关系，以及老板拖欠工资的事实，您就可以通过法律途径来维护自己的合法权益。希望以上解答能对您有所帮助。