辞退补偿协议签一式两份是合法的。从法律角度来看，一式两份的协议具有多方面的合法性和合理性，以下为你详细阐述：
一、协议份数的合法性
明确双方权利义务：一式两份的辞退补偿协议，能够清晰地界定用人单位和劳动者双方的权利和义务。每份协议都详细记录了补偿的具体内容、金额、支付方式等关键信息，有助于避免后续因理解不一致而产生的纠纷。
作为证据使用：在发生争议时，双方各自持有的协议副本可以作为有力的证据，证明双方曾经达成的共识和约定。这对于维护双方的合法权益，以及解决可能出现的法律纠纷，都具有重要的意义。
二、协议内容的合法性审查
虽然一式两份的协议形式上是合法的，但协议的内容同样需要符合法律法规的规定。具体来说：
补偿标准合法：辞退补偿协议中的补偿标准应当符合国家或地方的相关法律法规，如《劳动合同法》等。补偿金额、支付方式等条款不得违反法律的强制性规定。
双方真实意思表示：协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果协议是在一方被欺诈或胁迫的情况下签订的，那么该协议可能被认定为无效。
三、特殊情况下的协议效力
协议内容违法：如果辞退补偿协议的内容违反了法律法规的强制性规定，如补偿金额低于法定标准，或者协议中包含了不合理的条款，那么该协议可能被认定为无效。
存在欺诈或胁迫：如前所述，如果协议是在一方被欺诈或胁迫的情况下签订的，那么受欺诈或胁迫的一方有权请求法院或仲裁机构撤销该协议。
四、建议与注意事项
仔细审查协议内容：在签订辞退补偿协议前，双方应当仔细审查协议的内容，确保补偿标准合法、条款合理，并且是双方真实意思的表示。
保留协议副本：签订协议后，双方应当各自保留一份协议副本，以备不时之需。在发生争议时，协议副本可以作为重要的证据。
寻求法律帮助：如果对协议的内容或签订过程存在疑问，或者担心自己的权益受到侵害，建议及时咨询专业律师，以获取更全面的法律建议和帮助。
总结来看，辞退补偿协议签一式两份本身是合法的，但协议的内容必须符合法律法规的规定，并且是双方真实意思的表示。在签订协议前，双方应当仔细审查协议内容，并保留好协议副本。如果有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业律师。