当合同上盖的公章和甲方不一致时，这确实是一个需要仔细处理的问题，因为它可能影响到合同的效力以及后续的法律责任承担。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
表见代理情形：
- 如果盖章的一方具有让相对人（如乙方）相信其有代理权的合理表象，比如持有甲方的授权委托书、长期代表甲方签订合同等，那么即使盖章主体与合同注明的甲方不一致，该代理行为也可能被视为有效。在这种情况下，如果发生纠纷，相对人通常有权将合同注明的甲方列为被告，因为相对人是基于合理信赖与之订立合同的，后果应由被代理人（即合同中的甲方）承担。
无权代理且不构成表见代理：
- 如果盖章主体并未得到甲方的明确授权，且其行为也不符合表见代理的条件，那么盖章主体实际上是以自己的名义在实施行为。在这种情况下，如果发生纠纷，应将盖章的主体列为被告，因为其行为属于无权代理，需自行承担相应的法律责任。
存在合同债务转让等特殊约定：
- 如果合同中明确约定了债务或权利义务已经转移给盖章方，那么盖章方就应成为权利义务的实际承担者。在这种情况下，如果发生纠纷，应以盖章方作为被告。
共同责任情形：
- 如果能证明合同注明的甲方和盖章方对于合同的履行等有共同的意愿，比如共同参与合同协商、实际都从合同履行中获益等，那么可以将二者列为共同被告，要求他们承担连带责任。
处理建议：
- 协商修改：在发现甲方与盖章不一致的情况后，首先尝试与对方协商修改合同或变更合同内容，以明确合同主体，从而避免后续的法律纠纷。
- 全面收集证据：无论采取何种法律行动，都应全面收集相关证据，包括合同文本、沟通记录、履行凭证、交易记录等。这些证据将有助于证明合同关系以及确定责任主体。
- 起诉准备：在决定起诉前，应明确诉讼请求和事实理由，并准备好起诉状和相关证据材料。确保起诉符合《中华人民共和国民事诉讼法》规定的条件。
- 提起诉讼：根据具体情况选择合适的被告，向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
法律后果：
- 如果法院认定存在合同欺诈或其他违法行为，受害人有权请求法院撤销合同，并要求责任方承担相应的法律责任，包括返还财产、折价补偿以及赔偿损失等。
综上所述，当合同中甲方与盖章主体不一致时，应仔细分析具体情况，确定合适的起诉对象，并全面收集证据以维护自身合法权益。在处理此类问题时，务必遵循相关法律法规的规定，确保法律行动的合法性和有效性。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。