公司未经劳动者同意擅自修改劳动合同条款通常是不合法的，但双方协商一致且不违反法律法规的修改则是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性分析
协商一致原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。这意味着，任何对劳动合同条款的修改，都必须基于双方的平等、自愿和协商一致。公司单方面修改劳动合同条款，未经劳动者同意，是违法的。
书面形式要求：
- 变更劳动合同应当采用书面形式，以确保双方都有明确的记录。这有助于在发生争议时，提供明确的证据。公司如果擅自修改劳动合同条款，且未采用书面形式，也是不合法的。
不损害劳动者权益：
- 修改后的劳动合同内容不得损害劳动者的合法权益。例如，公司不能单方面降低劳动者的工资、改变工作内容或增加工作强度等，除非这些变更是经过劳动者明确同意的。
二、可能产生的法律后果
劳动合同部分或全部无效：
- 如果公司擅自修改的劳动合同内容对劳动者权益产生重大影响，且未得到劳动者认可，那么修改后的部分可能会被认定为无效。劳动者有权按照原合同约定的条款执行。
承担赔偿责任：
- 公司擅自修改劳动合同给劳动者造成损害的，如额外支出费用或损失，应当承担相应的赔偿责任。这包括但不限于因修改条款导致的经济损失、精神损害等。
劳动者解除劳动合同并获得经济补偿：
- 在某些情况下，如果公司擅自修改劳动合同条款，且这种修改严重损害了劳动者的权益，劳动者有权解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。
三、建议与措施
与公司协商：
- 如果发现公司擅自修改了劳动合同条款，劳动者应首先与公司进行协商，表达自己的不满和诉求。通过协商，双方可能达成一致，对修改的条款进行修正或补充。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司进行调查，并要求公司纠正违法行为。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足劳动者的诉求，劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，劳动者需要提供充分的证据来证明公司的违法行为，并要求公司承担相应的法律责任。
总结来看，公司未经劳动者同意擅自修改劳动合同条款是不合法的。劳动者在面对这种情况时，应积极维护自己的合法权益，通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来解决问题。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。