针对您提出的工程款违约支付问题，合同中虽约定了赔偿利息及滞纳金，但利息计算方式未明确、滞纳金约定也不完整的情况，以下是我的详细分析：
一、利息计算方式的确定
合同补充约定：
- 首先，建议双方尝试通过协商，就利息的计算方式达成补充协议。这是最直接且高效的方式，可以避免后续的法律纠纷。
参照市场利率或法定利率：
- 若协商无果，根据《民法典》的相关规定，当合同对利息计算方式没有约定或约定不明确时，可以参照当时的市场利率或者银行同期同类贷款利率来计算。具体来说，可以参考中国人民银行公布的贷款市场报价利率（LPR）作为计算基准。
法院或仲裁机构裁定：
- 如果双方仍无法达成一致，且争议诉至法院或仲裁机构，那么法院或仲裁机构将根据案件的具体情况，结合公平原则和市场惯例，裁定一个合理的利息计算方式。
二、滞纳金约定的完善与处理
滞纳金性质的明确：
- 滞纳金在法律上通常被视为一种违约金，用于惩罚违约方并补偿守约方因违约行为所遭受的损失。因此，在合同中应明确滞纳金的性质、计算方式和支付条件。
滞纳金计算方式的补充：
- 针对滞纳金约定不完整的问题，同样建议双方通过协商进行补充约定。可以约定滞纳金按日计算，并明确具体的计算比例或金额。例如，可以约定“滞纳金按未支付工程款的每日万分之五计算”。
滞纳金上限的设定：
- 为了避免滞纳金过高导致不公平的结果，可以在合同中设定滞纳金的上限。例如，可以约定“滞纳金总额不得超过未支付工程款的百分之二十”。
法律对滞纳金的限制：
- 需要注意的是，如果滞纳金约定过高，可能会被法院或仲裁机构认定为“过分高于造成的损失”，从而根据《民法典》的相关规定进行适当减少。因此，在约定滞纳金时，应确保其合理性和公平性。
三、法律建议与后续行动
完善合同条款：
- 鉴于当前合同中关于利息和滞纳金的约定存在不明确之处，建议双方尽快通过协商完善合同条款，以避免后续的法律纠纷。
保留相关证据：
- 在处理此类纠纷时，保留相关证据至关重要。包括但不限于合同文本、付款记录、沟通记录等。这些证据将在后续的法律程序中发挥关键作用。
寻求法律帮助：
- 如果双方无法就利息和滞纳金的计算方式达成一致，或者争议已经诉至法院或仲裁机构，那么建议寻求专业的法律帮助。作为专业律师，我可以为您提供全面的法律咨询和代理服务，帮助您维护合法权益。
针对您的情况，我建议您首先尝试与对方协商完善合同条款；如果协商无果，且争议无法自行解决，那么请及时联系我，我将为您提供专业的法律支持和代理服务。