买方在超过诉讼时效后支付了货款本金，卖方主张逾期付款违约金时，买方是否需要承担，需分情况讨论：

1. 诉讼时效届满后的法律效果

根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，诉讼时效届满后，权利人丧失的是胜诉权，而非实体权利。这意味着，如果买方在诉讼时效届满后自愿支付货款本金，这一行为通常被视为对债务的重新确认或自愿履行，不违反法律规定。然而，对于逾期付款违约金这一部分，其性质与货款本金有所不同。

2. 逾期付款违约金的性质与诉讼时效

逾期付款违约金是买方因未按时支付货款而应向卖方支付的额外费用，其性质属于对违约行为的惩罚和补偿。在诉讼时效届满后，如果卖方未在诉讼时效期间内主张权利，其要求买方支付逾期付款违约金的请求可能因超过诉讼时效而得不到法院的支持。但是，如果买方在支付货款本金时，明确表示同意支付逾期付款违约金，或者双方就逾期付款违约金达成了新的协议，那么买方可能需要承担这部分费用。

3. 买方是否需要承担的具体分析

• 若买方未明确表示同意支付逾期付款违约金：在诉讼时效届满后，卖方仅凭买方支付货款本金的行为，通常无法直接推断出买方同意支付逾期付款违约金。此时，卖方主张逾期付款违约金的请求可能因缺乏法律依据而得不到支持。
• 若买方明确表示同意支付逾期付款违约金：如果买方在支付货款本金时，通过书面或其他形式明确表示同意支付逾期付款违约金，那么这一表示构成对原债务的补充或修改，买方应当按照约定履行支付义务。
• 若双方就逾期付款违约金达成新的协议：在诉讼时效届满后，如果双方就逾期付款违约金达成了新的协议，并且该协议不违反法律、行政法规的强制性规定，那么买方应当按照新协议的约定支付逾期付款违约金。

4. 法律建议

• 对于卖方：在诉讼时效期间内及时主张权利，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。如果买方在诉讼时效届满后支付了货款本金，但未支付逾期付款违约金，卖方可以尝试与买方协商，看是否能够达成关于逾期付款违约金的新的协议。
• 对于买方：在支付货款本金时，应明确自己的支付意愿和范围，避免因表述不清而引发不必要的纠纷。如果买方不同意支付逾期付款违约金，应在支付货款本金时明确表示，并保留相关证据。

总结来说，买方在超过诉讼时效后支付了货款本金，卖方主张逾期付款违约金时，买方是否需要承担取决于买方是否明确表示同意支付或双方是否就逾期付款违约金达成了新的协议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。