针对您提出的“对中标单位的质疑，代理机构可以要求中标单位协助回复吗”这一问题，我们可以从政府采购质疑和投诉的相关规定出发进行详细分析。

首先，根据《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）的相关规定，当供应商对评审过程、中标或者成交结果提出质疑时，采购人、采购代理机构确实有一定的职责和权限来组织答复。具体来说，该办法第十四条明确指出，采购人、采购代理机构可以组织原评标委员会、竞争性谈判小组、询价小组或者竞争性磋商小组协助答复质疑。

然而，这一条款并未直接提及代理机构可以要求中标单位协助回复质疑。从法律条文的字面意义上看，中标单位并不属于原评标委员会、竞争性谈判小组、询价小组或竞争性磋商小组的范畴，因此，代理机构直接要求中标单位协助回复质疑可能缺乏明确的法律依据。

在实际操作中，代理机构在收到质疑后，应当首先根据现有材料进行调查和判断。如果质疑内容涉及中标单位的某些具体行为或材料，代理机构可以通过合法途径（如要求中标单位提供相关证明材料）来获取更多信息，但这并不等同于直接要求中标单位“协助回复”质疑。

如果质疑内容复杂或涉及专业判断，代理机构可以组织原评审委员会成员进行协助答复，因为他们在评审过程中已经对相关情况有了深入了解。但如前所述，这并不包括直接要求中标单位参与答复。

综上所述，虽然代理机构在处理质疑时需要获取相关信息，但直接要求中标单位协助回复质疑可能并不符合现行规定。代理机构应当依据法律法规，通过合法途径获取信息，并组织相关专家或原评审委员会成员进行协助答复，以确保质疑答复的准确性和公正性。