招标人确实可以要求被质疑人回复，且在特定情况下，招标人还有义务在规定时间内对质疑进行回复。以下从不同角度详细分析这一问题：
一、招标人的回复权利与义务
权利基础：
- 招标人在招标过程中，作为招标活动的组织者和责任主体，有权对投标人或其他利害关系人提出的质疑进行了解和调查，并要求被质疑人提供必要的解释或说明。这是招标人维护招标活动公正性、合法性和透明度的重要手段。
义务规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》等相关法律法规，招标人在收到质疑后，有义务在规定时间内（如3日内或7个工作日内，具体根据质疑内容和相关法律法规确定）对质疑进行回复。回复应以书面形式进行，内容清晰、准确、完整，包括对质疑事项的调查情况、处理结果及依据和解释，并加盖公章以保证正式性和有效性。
二、回复的具体流程与要求
接收质疑：
- 招标人应设立专门渠道和人员接收质疑文件，并检查质疑书是否符合规定形式，包括质疑人的基本信息、质疑项目的名称和编号、具体明确的质疑事项及相关请求、事实依据、法律依据以及提出质疑的日期等。如不符合要求，应及时告知质疑人补充完善。
调查核实：
- 招标人应组建由招标项目负责人、技术专家和法律专业人士等组成的调查小组，对质疑事项进行全面调查。调查过程中，应围绕质疑事项收集相关证据，包括招标文件、投标文件、评标记录等，并依据招标文件和相关法律法规进行深入分析，确定质疑事项是否属实。
回复处理：
- 在调查核实完成后，招标人应在规定时间内以书面形式回复质疑人。回复内容应包括对质疑事项的调查情况、处理结果及依据和解释。若质疑属实，招标人还应积极与质疑人协商解决办法，如重新招标、调整评标结果或给予合理补偿等。
三、不回复或回复不当的法律后果
行政责任：
- 如果招标人未在规定时间内回复质疑或回复不当，可能面临相关行政监督部门的监督检查和责令改正。在严重情况下，还可能受到行政处罚，如罚款、通报批评等。
民事责任：
- 如果招标人的不回复或回复不当行为给质疑人造成了损失，质疑人有权要求招标人承担相应的民事责任，如赔偿损失等。
四、实际操作建议
建立完善的质疑处理机制：
- 招标人应建立完善的质疑处理机制，明确质疑的接收、调查、回复等流程和要求，确保质疑能够得到及时、公正、合法的处理。
加强沟通与协商：
- 在处理质疑过程中，招标人应保持与质疑人的良好沟通，倾听其意见和建议，共同寻求合理的解决方案。这有助于减少争议和纠纷，维护招标活动的顺利进行。
寻求法律支持：
- 如果招标人在处理质疑过程中遇到法律难题或无法与质疑人达成一致意见，应及时咨询法律顾问的意见，确保处理过程的合法性和有效性。
总结来说，招标人可以要求被质疑人回复，并且在特定情况下还有义务在规定时间内对质疑进行回复。招标人应建立完善的质疑处理机制，加强沟通与协商，并在必要时寻求法律支持，以确保招标活动的公正性、合法性和高效性。如果您在招标过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。