未按规定建立农作物种子经营档案违反了《中华人民共和国种子法》的第六十二条第一款第四项（也有法规版本表述为第七十九条第四项，具体依据最新修订版本确定，但核心内容一致），即违反本法规定，未按规定制作、保存种子生产、经营档案的，由县级以上人民政府农业、林业行政主管部门或者工商行政管理机关责令改正，并处以罚款。以下是对此问题的详细分析：

一、法律条款具体内容

根据《中华人民共和国种子法》的相关规定，种子生产经营者应当建立和保存包括种子来源、产地、数量、质量、销售去向、销售日期和有关责任人员等内容的生产经营档案，以保证可追溯性。具体来说，该法条明确指出：

• 第六十二条（或第七十九条）第一款第四项：违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府农业、林业行政主管部门或者工商行政管理机关责令改正，处以一千元以上一万元以下（也有规定为二千元以上二万元以下，具体依据处罚情节和最新修订版本确定）罚款：（四）未按规定制作、保存种子生产、经营档案的。

二、法律后果

对于未按规定建立农作物种子经营档案的行为，相关主管部门将责令改正，并处以罚款。罚款的幅度可能因地区和具体情节而有所不同，但一般都在一千元以上一万元以下，甚至更高，具体取决于违法行为的严重程度和当地的相关规定。

三、实际案例与执法实践

在实际执法过程中，农业农村部门会依法对未按规定建立种子经营档案的行为进行查处。例如，有案例显示，某供销社生资门市部因未按规定建立农作物种子生产经营档案，被当地农业农村局责令改正，并处以了相应的罚款。这充分说明了该法条在实际执法中的应用和效力。

四、建议与措施

为了避免因未按规定建立农作物种子经营档案而遭受法律处罚，种子生产经营者应当：

1. 建立健全的经营档案管理制度：明确档案的记录、保存和更新流程，确保档案的完整性和准确性。
2. 加强员工培训：提高员工对经营档案管理重要性的认识，确保他们能够按照规定进行档案的记录和保存。
3. 定期自查与整改：定期对经营档案进行检查，发现问题及时整改，确保符合法律法规的要求。

如有任何关于农作物种子经营档案管理的法律问题或疑虑，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。