结论前置：和员工协商解除劳动合同后，经济补偿金的最晚支付时间通常是在办结工作交接时。若双方有特别约定，则按照约定时间支付。

一、常规支付时间

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，在双方协商一致解除劳动合同的情况下，用人单位应在办结工作交接时向劳动者支付经济补偿金。这一规定旨在保障劳动者在劳动关系结束后能及时获得相应的经济补偿，以应对可能的生活或再就业需求。

二、特别约定下的支付时间

若用人单位与劳动者在协商解除劳动合同时，就经济补偿金的支付时间达成了特别约定，那么应按照该约定时间进行支付。这种约定可以是具体的日期，也可以是满足一定条件后的支付时间。但需要注意的是，该约定不得违反法律法规的强制性规定，否则可能被认定为无效。

三、逾期未支付的后果

若用人单位未按照约定或法律规定的时间支付经济补偿金，劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求责令用人单位限期支付。若逾期仍未支付，劳动行政部门有权要求用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。此外，劳动者还可以通过申请劳动仲裁或提起诉讼等合法途径来维护自己的权益。

四、实际操作建议

1. 明确约定：在协商解除劳动合同时，双方应明确经济补偿金的支付时间、金额及方式等关键条款，以避免后续产生纠纷。
2. 保留证据：劳动者应妥善保管与用人单位签订的解除劳动合同协议、工资条、工作交接单等相关证据，以备不时之需。
3. 及时维权：若用人单位逾期未支付经济补偿金，劳动者应及时向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结：和员工协商解除劳动合同后，经济补偿金的支付时间应遵循法律规定或双方约定。在实际操作中，双方应明确约定支付时间等关键条款，并保留好相关证据。若用人单位逾期未支付，劳动者应及时维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。