结论前置：

1. 公司可以与员工协商支付补偿金的时间，只要该协议不违反法律法规的强制性规定，不存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，且约定的经济补偿金不低于法律规定的标准，那么该协议即为有效，对双方均具有约束力。
2. 协商支付补偿金时间时，需确保协议的合法性、公平性和有效性，并建议签订书面协议以明确双方的权利和义务。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这一条款规定了经济补偿的基本标准，但并未禁止用人单位和劳动者就经济补偿金的支付时间进行协商。
   • 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三十五条也明确指出，劳动者与用人单位就解除或者终止劳动合同办理相关手续、支付工资报酬、加班费、经济补偿或者赔偿金等达成的协议，不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫或者乘人之危情形的，应当认定有效。

2. 协商支付补偿金时间的合法性：

   • 公司与员工协商支付补偿金的时间，本质上是对经济补偿金支付方式的一种约定。只要这种约定不违反法律法规的强制性规定，且双方是在平等自愿、协商一致的基础上达成的，那么该约定就是合法的。
   • 例如，公司可能因为资金周转问题，希望与员工协商将经济补偿金的支付时间推迟几个月。在这种情况下，如果员工同意，并且双方签订了书面协议明确支付时间和金额，那么这种约定就是有效的。

3. 协商时需注意的事项：

   • 确保协议的公平性：协商过程中，公司不得利用自身优势地位或员工的急迫心理，迫使员工接受不合理的支付时间或金额。
   • 不低于法定标准：约定的经济补偿金数额应不低于法律规定的标准。如果双方同意支付高于法定标准的经济补偿金，这也是合法有效的。
   • 签订书面协议：为避免后续产生不必要的纠纷，建议公司与员工就经济补偿金的支付问题达成一致意见后，签订书面协议进行明确。书面协议应包含支付时间、金额、支付方式等关键条款。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司违反与员工协商达成的经济补偿金支付协议，员工有权向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，要求公司按照协议履行支付义务。
   • 如果协议存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，员工也有权请求法院撤销该协议，并要求公司按照法定标准支付经济补偿金。

举例说明：

假设某公司因业务调整需要裁员，与员工张三协商解除劳动合同。双方约定，公司将在张三离职后三个月内支付其经济补偿金，金额为张三在公司工作年限对应的月工资总和。同时，双方签订了书面协议明确这一约定。在这种情况下，该协议是合法有效的，对双方均具有约束力。如果公司未按约定时间支付经济补偿金，张三有权向劳动仲裁机构或法院提起诉讼要求公司履行支付义务。

总结与建议：

公司与员工协商支付补偿金的时间是合法的，但必须确保协议的合法性、公平性和有效性。在实际操作中，建议双方签订书面协议以明确支付时间、金额等关键条款，避免后续产生纠纷。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。