关于公司协议赔偿款是否有时间限制的问题，这主要取决于协议双方的具体约定以及相关的法律法规。以下是从不同角度进行的详细分析：
协议中有明确约定的情况：
- 如果公司协议中已经明确规定了赔偿款的支付时间，那么双方应当严格遵循协议的规定来执行。这种情况下，赔偿款的支付时间是有明确限制的，即协议中约定的时间。
协议中没有明确约定的情况：
- 如果协议中没有对赔偿款的支付时间做出明确规定，那么根据我国《中华人民共和国民法典》的相关规定，权利人（即收到赔偿款的一方）向义务人（即支付赔偿款的一方）提出履行请求的时效一般为三年。这意味着，在三年内，权利人可以随时要求义务人支付赔偿款，但需要给义务人必要的准备时间。
- 然而，也需要注意一些特殊情况。例如，如果权利人在时效期间内主张了其权益，或者义务人表示愿意履行义务，这些都可能引发诉讼时效的中断，从而使得时效得以重新计算。
工伤赔偿协议的特殊情况：
- 对于工伤赔偿协议，其时间限制可能更为复杂。一方面，协议的签订时间通常建议在认定工伤决定书作出后，尤其是劳动能力鉴定结论出来后，以确保赔偿金额的合理性。另一方面，协议的履行期限如果未明确约定，债权人同样可随时要求履行，但需给对方必要的准备时间。
- 此外，工伤赔偿协议还涉及反悔或撤销的时间限制，以及申请劳动仲裁或提起诉讼的时间限制。这些时间限制都可能对赔偿款的支付时间产生影响。
法律建议：
- 在签订公司协议时，建议双方明确约定赔偿款的支付时间，以避免后续可能产生的纠纷。
- 如果协议中没有明确约定支付时间，权利人应当在法定的时效范围内积极维护自己的合法权益，同时给义务人必要的准备时间。
- 对于工伤赔偿协议等特殊情况，建议咨询专业律师以获取更具体的法律指导，确保自身权益得到有效维护。
总之，公司协议赔偿款是否有时间限制，主要取决于协议双方的具体约定以及相关的法律法规。在处理此类问题时，建议务必认真查阅协议的各项条款，并在法定的时效范围内积极地维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。