公司不能仅因员工异地违规打上下班卡就扣工资。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 法律依据角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非员工的行为给公司造成了经济损失，否则公司不得额外扣工资。
   • 异地违规打上下班卡，虽然可能违反了公司的考勤制度，但并未直接给公司造成经济损失。因此，公司以此为由扣工资，很可能违反了劳动法的规定。

2. 公司规章制度角度：

   • 公司有权制定自己的规章制度，包括考勤制度。然而，这些规章制度必须合法、合理，并且已经向员工公示或告知。
   • 如果公司的考勤制度中明确规定了异地违规打上下班卡的处罚措施，并且这些措施不违反劳动法的规定，那么公司可以按照制度进行处罚。但处罚措施通常不应包括直接扣工资，除非这种扣工资的行为是作为对员工造成经济损失的赔偿。

3. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，公司发现员工异地违规打上下班卡后，应首先进行调查核实，了解员工的具体情况和原因。
   • 如果员工确实存在违规行为，公司可以根据规章制度进行相应的处理，如口头警告、书面警告、记过等。但这些处理措施应与违规行为的性质和严重程度相适应，并且不应违反劳动法的规定。

4. 法律后果角度：

   • 如果公司仅因员工异地违规打上下班卡就扣工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发被扣的工资，并可能获得相应的赔偿。
   • 此外，公司还可能因违反劳动法的规定而面临行政处罚或法律诉讼的风险。

综上所述，公司不能仅因员工异地违规打上下班卡就扣工资。如果公司发现员工存在此类违规行为，应首先进行调查核实，并根据规章制度和劳动法的规定进行相应的处理。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。