针对您提出的问题，即甲方违约未按合同支付工程款，后来虽然支付了，但乙方能否起诉要求甲方按合同的结算金额全额支付，我的分析如下：

1. 核心结论：

   • 乙方有权起诉要求甲方按合同结算金额全额支付：尽管甲方后来支付了工程款，但如果其之前存在违约行为，即未按合同约定时间或金额支付，乙方仍有权基于合同违约条款，要求甲方承担违约责任，包括但不限于支付剩余未付的工程款、违约金或赔偿损失等。

2. 法律分析：

   • 合同违约责任：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在本案中，甲方未按合同约定支付工程款，已构成违约，乙方有权要求其承担违约责任。
   • 结算金额的确定：合同结算金额是双方基于合同约定和实际完成工程量确定的最终支付金额。如果甲方之前支付的款项少于结算金额，乙方有权要求甲方支付剩余部分。

3. 实际操作建议：

   • 收集证据：乙方应首先收集与合同履行、甲方违约及结算金额相关的所有证据，包括但不限于合同文本、付款记录、工程量确认单、结算报告等。
   • 发送催款函：在起诉前，乙方可以先向甲方发送催款函，明确要求其支付剩余工程款，并告知其如不履行将采取的法律措施。
   • 提起诉讼：如果甲方在收到催款函后仍未履行支付义务，乙方可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求甲方支付剩余工程款及可能产生的违约金或赔偿损失。

4. 注意事项：

   • 诉讼时效：乙方应注意诉讼时效的问题，确保在法律规定的期限内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
   • 合同条款：乙方应仔细审查合同条款，特别是关于违约责任、结算方式、争议解决方式等条款，以便在诉讼中准确主张自己的权利。

综上所述，乙方有权起诉要求甲方按合同结算金额全额支付剩余工程款，并应采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议和帮助。