针对您提出的“公司法人职务侵占的资金怎么办”这一问题，以下是一套清晰、详细且有深度的处理方案：
一、明确侵占行为的性质与后果
首先，需要明确的是，公司法人利用职务之便侵占公司资金，这是明确的违法行为，不仅损害了公司的利益，也可能触犯刑法，构成职务侵占罪。因此，必须采取有效措施予以应对。
二、收集确凿证据
证据是后续采取行动的基础，必须确保证据的合法性、有效性和充分性。您可以着手收集以下证据：
- 财务账目：包括公司的银行流水、收支记录、财务报表等，以证明资金流向和金额。
- 交易记录：与侵占行为相关的交易合同、发票、收据等，以证明交易的真实性和资金用途。
- 合同文件：与法人职务相关的合同、协议等，以证明其职责和权限。
- 电子邮件、聊天记录：与侵占行为相关的电子邮件、即时通讯记录等，以证明法人的行为和意图。
三、内部处理与沟通
- 尝试沟通：在收集到一定证据后，可以尝试与公司法人进行内部沟通，指出其侵占行为的不当性，并要求归还财物。同时，明确告知法律后果，敦促其主动纠正。
- 召开治理机构会议：若沟通无果，可以依据公司章程召开监事会、董事会或股东会，讨论并采取相应决议，如要求法人停止侵占、归还财物、纪律处分或罢免职务等。
四、行政途径与举报
若内部处理无法解决问题，可以向相关部门举报法人的侵占行为。具体来说：
- 向工商行政管理部门举报：提供详细证据和情况说明，以便相关部门进行调查和处理。
- 向税务部门举报：若侵占行为涉及税务问题，也可以向税务部门举报。
五、刑事途径与报案
若法人侵占行为数额较大，可能构成职务侵占罪。此时应：
- 向公安机关报案：向公安机关经侦部门报案，提供充分证据，配合司法机关工作，等待调查结果。
- 法律后果：若法人被认定构成职务侵占罪，将依法受到刑事处罚，同时公司可通过刑事附带民事诉讼要求返还财物和赔偿损失。
六、民事诉讼途径
公司还可以向法院提起民事诉讼，要求法人返还侵占的财物并赔偿损失。在诉讼中，公司需要承担举证责任，提供充分证据证明主张。若公司胜诉而法人不履行判决义务，可向法院申请强制执行，通过法律手段追回被侵占的财物和获得赔偿。
七、加强预防机制
为了防止类似事件再次发生，公司应加强内部控制和预防机制：
- 建立完善的财务管理制度：确保公司资金的流向和用途得到严格监控和管理。
- 加强内部审计和监察机制：定期对公司财务进行审计和监察，及时发现并纠正问题。
- 提高员工的法律意识和道德水平：通过法律教育和培训，提高员工的法律意识和道德水平，预防类似事件再次发生。
综上所述，面对公司法人的侵占行为，应迅速采取行动，通过多渠道依法追究其责任，并追回被侵占的财产。同时，加强公司内部防控机制，确保公司的长期稳健发展。在整个过程中，证据的收集和保存至关重要，它是后续所有法律行动的基础和关键。