针对全资控股的子公司法人侵吞资金这一情况，核心处理方式是立即启动内部调查、固定证据，并通过刑事控告、民事追偿或内部追责程序维护公司权益。具体处理步骤和法律路径如下：

1. 立即启动内部调查，固定关键证据

• 调查方向：需重点核查资金流向（如银行流水、合同、审批记录）、侵吞手段（如虚构交易、关联交易、截留收入等）、涉案金额及时间跨度。
• 证据固定：收集财务凭证、审计报告、内部审批文件、证人证言（如财务人员、业务对接人）等，确保证据链完整。若涉及电子数据（如邮件、聊天记录），需及时公证或通过司法鉴定固定。
• 注意时效：刑事追诉期为5-20年（根据金额不同），但证据可能因时间推移灭失，需尽快行动。

2. 刑事控告：追究法人刑事责任

• 罪名适用：根据行为模式，可能涉及职务侵占罪（《刑法》第271条，最高可处15年有期徒刑）或挪用资金罪（《刑法》第272条，最高可处10年有期徒刑）。若法人通过虚假合同、发票等手段侵吞，还可能构成合同诈骗罪或虚开发票罪。
• 报案流程：向子公司所在地公安机关经侦部门报案，提交《刑事控告书》及证据材料。公安机关立案后，可申请冻结涉案账户、查封财产，防止资金转移。
• 关键点：需证明法人利用职务便利、主观故意侵占资金，且金额达到刑事立案标准（职务侵占罪6万元以上，挪用资金罪10万元以上）。

3. 民事追偿：通过诉讼要求返还资金

• 案由选择：以子公司名义提起损害公司利益责任纠纷诉讼，要求法人返还侵占资金及利息，并赔偿损失。
• 被告范围：若法人将资金转移至关联公司或个人账户，可追加关联方为共同被告，要求承担连带责任。
• 执行保障：诉讼前可申请财产保全，冻结法人名下房产、车辆、股权等资产，确保判决后能执行到位。

4. 内部追责：依据公司章程或制度处理

• 股东权利行使：作为全资母公司，可召开子公司股东会，决议免除法人职务，并要求其配合调查、返还资金。
• 制度依据：若子公司章程或内部制度明确禁止侵占资金，可依据规定对法人处以罚款、解除劳动合同（如法人同时担任高管）等。
• 注意程序：内部追责需符合《公司法》及子公司章程规定的程序，避免因程序瑕疵导致追责无效。

5. 特殊情形处理

• 法人拒不配合：若法人隐匿或销毁证据，可向法院申请“书证提出命令”，强制其提交相关财务资料。
• 资金已转移至境外：需通过刑事司法协助或民事诉讼中的“承认与执行外国法院判决”程序追偿，流程复杂但仍有途径。
• 法人无力偿还：可申请将其纳入失信被执行人名单，限制高消费，并通过拍卖资产、股权抵债等方式尽可能挽回损失。

行动建议：

1. 立即组建由法务、财务、审计人员组成的专项小组，全面核查资金异常情况；
   
2. 同步咨询刑事律师和民事律师，制定“刑事控告+民事诉讼”双轨策略；
   
3. 若涉及金额巨大或法人有逃匿风险，优先向公安机关报案，利用刑事手段快速止损。
   

如有进一步细节（如资金流向、法人身份、子公司章程规定等），可向我补充说明，我会结合具体情形提供更精准的方案。