在综合工时制下，判断每周工作时间超过40小时还是44小时算加班，需根据具体的工作制度安排及劳动合同约定，但通常应以40小时为基准。以下是详细分析：

一. 工作时间制度的基础

1. 标准工时制：根据《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，职工每日工作8小时、每周工作40小时为标准工时制。这是普遍执行的工作时间标准。

2. 综合工时制：作为特殊工时制的一种，综合工时制允许在一定周期内（如周、月、季等）综合计算工作时间，但平均每日工作时间和平均每周工作时间应与标准工时制基本相同。然而，具体的工作时间安排和加班认定可能因工作性质、生产特点及劳动合同约定而有所不同。

二. 综合工时制下的加班认定

1. 基本原则：在综合工时制下，如果劳动者的工作时间在某一周内超过了40小时，但整个计算周期内的平均工作时间未超过法定标准，且用人单位已合理安排休息日，则通常不被视为加班。

2. 特殊情况：若劳动者在某一周内的工作时间显著超过40小时，且整个计算周期内的平均工作时间也超出法定标准，或者用人单位未能合理安排休息日，则超出部分应被视为加班，并需依法支付加班费。

三. 综合考虑因素

• 劳动合同中的约定是判断加班的重要依据。在综合工时制下，劳动者应仔细查阅并了解自己的劳动合同内容，特别是关于工作时间、休息日和加班规定的部分。
• 用人单位在实施综合工时制时，需确保符合法定条件和程序，并合理安排工作时间和休息日，以保障劳动者的合法权益。

四. 结论与建议

• 结论：在综合工时制下，每周工作时间超过40小时还是44小时算加班，并非一个绝对的界限。而是需要根据具体的工作时间安排、劳动合同约定以及整个计算周期内的平均工作时间来综合考虑。
• 建议：对于工作时间和加班情况有疑问的劳动者，应首先查阅自己的劳动合同，了解具体的工作时间安排和加班规定。如仍有疑问或争议，建议咨询专业的劳动法律人士，以维护自己的合法权益。

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