关于民事判决书中农民工在建筑工地被认定为劳动关系的问题，这确实是一个涉及劳动法律关系的复杂议题。以下是我从不同角度为你进行的分析：
劳动关系的认定标准：
- 劳动关系通常基于劳动者与用人单位之间的管理与被管理、监督与被监督、指挥与被指挥的隶属关系来认定。在建筑工地，如果农民工直接受建筑公司的管理，从事建筑公司安排的有报酬的劳动，并且其提供的劳动是建筑公司业务的组成部分，那么理论上可以认定为劳动关系。
- 然而，在实际操作中，建筑工地往往存在分包、转包等情况，农民工可能由包工头雇佣，而非直接受建筑公司管理。这种情况下，劳动关系的认定就变得复杂。
部门规范性文件与司法解释的冲突：
- 原劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》第四条规定，建筑施工企业等用人单位将工程发包给不具备用工主体资格的组织或自然人，对该组织或自然人招用的劳动者，由具备用工主体资格的发包方承担用工主体责任。这一规定在一定程度上倾向于保护农民工的权益，但并未直接明确劳动关系。
- 另一方面，最高人民法院《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第11条规定，雇员在从事雇佣活动因安全生产事故遭受人身损害，发包人、分包人知道或者应当知道接受发包或分包业务的雇主没有相应资质或者安全生产条件的，应当与雇主承担连带赔偿责任。这一规定实际上间接说明了包工头雇佣的人员与建筑企业之间可能不存在直接的劳动关系。
司法实践中的分歧：
- 在司法实践中，关于建筑工地农民工与建筑公司之间是否存在劳动关系，存在两种分歧。一种意见认为可以认定为劳动关系，基于上述部门规范性文件的规定；另一种意见则认为不能认定为劳动关系，因为劳动关系的确立需要审查实质要件，即双方之间是否存在管理与被管理的隶属关系。
法律建议：
- 对于农民工而言，如果在建筑工地受伤，首先应当收集相关证据，如工作证、工资单、证人证言等，以证明自己与建筑公司之间存在劳动关系或用工关系。
- 如果无法直接证明劳动关系，农民工可以依据最高人民法院的相关司法解释，将包工头及违法分包的建筑公司作为共同被告，要求其承担连带赔偿责任。
- 在处理此类纠纷时，建议农民工及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，民事判决书中农民工在建筑工地被认定为劳动关系的问题并非一概而论，而是需要根据具体情况进行综合分析。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。