在建筑工地上签订农民工劳动协议书，一般情况下是可以认定双方存在劳动关系的，但具体还需结合协议内容及实际履行情况综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
从协议内容角度
- 协议具备劳动合同基本要素：如果签订的农民工劳动协议书包含了劳动合同的必备条款，如用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人；劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码；劳动合同期限；工作内容和工作地点；工作时间和休息休假；劳动报酬；社会保险；劳动保护、劳动条件和职业危害防护等，那么这份协议在实质上就等同于劳动合同，能够直接证明双方存在劳动关系。例如，协议中明确约定了农民工在建筑工地的具体工作岗位、每天的工作时长、每月的工资数额以及发放时间，还规定了用人单位为农民工缴纳社会保险等事项，这就符合劳动合同的基本要求，可认定劳动关系。
- 协议内容不完整或存在瑕疵：若协议内容不完整，缺少一些关键条款，比如没有明确劳动报酬的支付方式、工作时间和休息休假安排等，但双方已经按照一定的模式实际履行了各自的权利和义务，比如农民工按照用人单位的要求在建筑工地工作，用人单位也定期支付了工资，这种情况下，虽然协议存在瑕疵，但仍然可以根据实际履行情况来认定双方存在劳动关系。不过，如果协议中存在一些违反法律法规强制性规定的条款，如约定农民工不享受社会保险待遇等，这些条款是无效的，但不影响其他合法条款以及整体劳动关系的认定。
从实际履行情况角度
- 双方实际履行了劳动权利和义务：劳动关系的核心在于劳动者为用人单位提供劳动，用人单位支付劳动报酬。在建筑工地场景中，如果农民工实际在工地按照用人单位的安排进行施工工作，接受用人单位的管理和指挥，用人单位也按照约定向农民工支付了工资，那么即使没有签订完善的书面劳动合同，也可以认定双方存在事实劳动关系。例如，农民工每天按时到工地上班，按照工长的指示进行具体的建筑作业，用人单位每月按时将工资打到农民工的银行卡上，这就表明双方已经实际履行了劳动权利和义务，存在劳动关系。
- 存在其他辅助证据：除了劳动协议书和实际履行情况外，一些其他证据也可以辅助证明劳动关系的存在。比如，农民工的工作证、工作服、考勤记录、工资支付凭证、同事的证言等。如果农民工能够提供这些证据，与签订的劳动协议书相互印证，那么认定双方存在劳动关系的依据就更加充分。例如，农民工有工地发放的工作证，上面有用人单位的名称和自己的照片，同时还有每月的考勤记录，这些证据都可以证明他与用人单位之间存在劳动关系。
特殊情况
在一些非法转包、分包的建筑工地，可能会出现实际施工人与农民工签订协议的情况。如果实际施工人不具备用工主体资格，那么根据相关法律规定，应由具备用工主体资格的发包方承担用工主体责任，此时也可以认定农民工与发包方之间存在劳动关系。例如，某建筑公司将工程非法转包给没有资质的个人包工头，包工头招聘了农民工在工地工作，虽然农民工是与包工头签订的协议，但由于包工头不具备用工主体资格，所以应认定农民工与建筑公司之间存在劳动关系。
建议：如果你遇到了与建筑工地劳动关系认定相关的问题，比如用人单位不承认劳动关系、拒绝支付工资或提供劳动保护等，你可以收集好相关的证据，如劳动协议书、工作证、考勤记录、工资支付凭证等，及时向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和解决方案。