新司法解释二关于二倍工资差额的规定并未废除《中华人民共和国劳动法》第八十二条第二款的内容，但两者针对的是不同的法律事项，不存在直接的替代或废除关系。以下是对这一问题的详细分析：
《中华人民共和国劳动法》第八十二条第二款的内容：
- 该条款原本设定了劳动争议仲裁的申请时效为自劳动争议发生之日起六十日内。但这一规定已被2008年5月1日起施行的《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》所更新，新的仲裁时效期间已延长至一年。
新司法解释二关于二倍工资差额的规定：
- 新司法解释二（假设为《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（二）》等相关司法解释）中关于二倍工资差额的规定，主要是针对用人单位未与劳动者订立书面劳动合同的法律责任进行细化。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。新司法解释二可能进一步明确了二倍工资差额的计算方式、支付期限等具体问题。
两者关系分析：
- 《中华人民共和国劳动法》第八十二条第二款主要关注的是劳动争议仲裁的申请时效，而新司法解释二关于二倍工资差额的规定则关注的是用人单位未与劳动者订立书面劳动合同的法律责任。
- 两者针对的是不同的法律事项，不存在直接的替代或废除关系。新司法解释二的规定是对《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条的进一步细化和补充，旨在更好地保障劳动者的合法权益。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果用人单位未与其订立书面劳动合同，劳动者有权要求用人单位支付二倍的工资差额。同时，劳动者也应注意劳动仲裁的申请时效，确保在规定的期限内提出仲裁申请。
- 对于用人单位而言，应严格遵守相关法律法规，及时与劳动者订立书面劳动合同，以避免不必要的法律风险和经济损失。
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