仲裁后补发的工资差额确实需要扣个税，但具体扣税方式需根据不同情况来确定，且应由企业代扣代缴。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 一般情况下的扣税：

   • 如果仲裁所涉及的工资差额属于正常劳动所得，那么在扣除免税项目（如五险一金等个人承担部分）后，月工资收入超过5000元的部分，将按照个人所得税法规定的税率进行纳税。
   • 例如，某劳动者月工资原为6000元，但因拖欠工资，仲裁后补发工资差额2000元，使其当月工资达到8000元。若三险一金个人缴纳部分为1000元，那么其应纳税所得额就是8000元减去5000元的起征点再减去1000元的免税项目，即2000元。接下来，对照个人所得税税率表，可以找到相应的税率和速算扣除数进行计算纳税。

2. 特殊情况下的扣税：

   • 经济补偿部分：若仲裁结果中除了工资差额，还包含用人单位支付的经济补偿等款项，那么根据相关规定，个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入（包括经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，是免征个人所得税的；超过3倍数额的部分，则不并入当年综合所得，而是单独适用综合所得税率表来计算纳税。
   • 补发工资计税方式：对于补发以往月份的工资，部分地区有特殊规定。一些地方税务机关允许将补发工资分摊回所属月份，与所属月份的工资薪金所得合并计征个人所得税，并重新计算应纳税额，再减去已纳税额，从而得出应补缴税额。然而，由于各地执行口径存在差异，因此在实际操作中应以当地税务机关的规定为准。

3. 企业代扣代缴义务：

   • 企业执行仲裁程序并按裁决书支付工资差额时，同时必须履行税务行政法规规定的代扣代缴个人所得税的义务。这是企业必须执行的法规要求。

4. 综合所得计税与税率：

   • 劳动仲裁所得如果符合工资、薪资范畴，将被划入“综合所得”范畴进行计税操作。在此基础上，“综合所得”将适用3%至45%的超额累进制税率。具体应扣缴的税费金额取决于全年的综合所得总收入，并在扣除60000元的基本扣除费用及专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除项目之后，剩余部分即为应纳税所得额。

综上所述，仲裁后补发的工资差额确实需要扣个税，并且应由企业代扣代缴。在具体操作中，应根据不同情况来确定扣税方式，并遵循当地税务机关的规定。如有任何疑问或需要进一步了解相关信息，可以直接向我咨询。