要证明员工是主动离职的，可以从以下几个方面进行举证和操作：

首先，员工主动提交的书面辞职申请是最直接且有力的证据。当员工决定离职时，通常会向用人单位提交书面的辞职申请，明确表达离职的意愿和日期。这份辞职申请应当由员工本人签字确认，并保留在用人单位的档案中，作为后续证明员工主动离职的重要依据。

其次，离职证明也是证明员工主动离职的关键文件。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在解除或终止劳动合同时，应当向劳动者出具离职证明。这份离职证明应当明确写明劳动合同期限、解除或终止劳动合同的日期、工作岗位以及在本单位的工作年限等信息。虽然法律并未要求离职证明中必须写明离职原因，但在实际操作中，如果员工是主动离职，用人单位可以在离职证明中简要注明“员工因个人原因主动提出离职”，以作为辅助证明。

此外，员工离职时的交接记录也可以作为间接证据。在员工离职前，通常会与用人单位进行工作交接，包括交接工作文件、资料、设备等。这些交接记录可以证明员工已经完成了离职前的准备工作，并主动离开了工作岗位。

最后，如果可能的话，员工离职时的面谈记录或录音也可以作为补充证据。在员工离职时，用人单位可以与员工进行面谈，了解其离职原因和后续计划，并做好记录或录音。这些记录或录音可以进一步证明员工是主动离职的，并有助于用人单位了解员工离职的真实情况。

综上所述，要证明员工是主动离职的，用人单位应当妥善保留员工提交的书面辞职申请、离职证明、离职交接记录以及可能的离职面谈记录或录音等证据。这些证据将共同构成证明员工主动离职的完整链条，为用人单位在后续可能出现的劳动争议中提供有力的支持。