在购买存放在乙方处的玉米时，乙方开具专用销售发票后甲方付款是合法的。下面我将对此进行详细分析：

一. 合同成立与履行

1. 合同成立：根据《民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在此情境中，甲方购买乙方存放在处的玉米，双方就购买事宜达成一致，即形成了买卖合同关系。
2. 合同履行：合同成立后，双方应按照约定履行各自的义务。乙方作为卖方，有义务交付玉米并开具相应的销售发票；甲方作为买方，有义务支付相应的价款。因此，乙方开具专用销售发票后，甲方付款是履行合同义务的行为，是合法的。

二. 发票的合法性与付款的正当性

1. 发票的合法性：乙方开具的专用销售发票，是合法的交易凭证，也是甲方付款的依据。发票的开具应当符合国家税收法规的相关规定，乙方需确保发票的真实性和合法性。
2. 付款的正当性：甲方在收到乙方开具的合法发票后，按照发票金额支付价款，是正当的履约行为。这不仅符合合同法的相关规定，也体现了商业交易中的诚信原则。

综上所述，在购买存放在乙方处的玉米时，乙方开具专用销售发票后甲方付款是合法的。这一行为既符合合同法的相关规定，也体现了商业交易中的诚信和公平原则。如有进一步需要，您可以继续咨询我。