针对您提出的“用人单位原因导致工伤申请超期应如何认定”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《工伤保险条例》的相关规定，职工发生事故伤害或者被诊断、鉴定为职业病后，用人单位应当在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起的30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是用人单位的基本义务，也是保障职工权益的重要环节。
然而，在实际操作中，可能会因为用人单位的各种原因（如内部流程繁琐、管理不善、对法规不熟悉等）导致工伤申请超期。在这种情况下，我们需要根据具体情况进行认定和处理：
用人单位未在规定时限内提出申请：
- 如果用人单位未能在规定的30日内提出工伤认定申请，且未申请延长时限，那么在此期间发生的符合工伤保险条例规定的工伤待遇等有关费用，将由该用人单位自行负担。
- 社会保险行政部门在收到工伤认定申请后，会对申请材料进行审核。如果材料不完整，会以书面形式一次性告知申请人需要补正的全部材料。但在此之前，如果用人单位已经超期未申请，那么即使后续补交了材料，也可能面临费用由用人单位自行承担的风险。
用人单位申请延长时限：
- 如果用人单位因特殊情况暂时不能按照规定时限提出工伤认定申请，可以经报社会保险行政部门同意后，申请延长工伤认定申请时限。但需要注意的是，延长时限最长不能超过60日（具体规定可能因地区而异，此处以一般情况为例）。
- 如果用人单位在规定的30日内提出了延长时限的申请，并得到了社会保险行政部门的同意，那么在延长的时限内提出工伤认定申请，将不会被视为超期。
工伤职工或其近亲属、工会组织提出申请：
- 如果用人单位未按规定提出工伤认定申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起的1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 这种情况下，即使用人单位原因导致工伤申请超期，也不会影响工伤职工或其近亲属、工会组织提出申请的权利。社会保险行政部门会根据提交的材料进行认定，并作出相应的决定。
综上所述，对于用人单位原因导致工伤申请超期的情况，我们需要根据具体情况进行认定和处理。用人单位应当严格遵守相关法规，及时提出工伤认定申请或申请延长时限，以保障职工的权益和避免不必要的费用负担。同时，工伤职工或其近亲属、工会组织也应当了解自己的权利，在必要时及时提出工伤认定申请。