针对您提出的“员工迟到扣款不列入工资要怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位无权随意克扣劳动者的工资。任何扣款行为都必须有明确的法律依据或合法的公司规章制度作为支撑。
接下来，您可以按照以下步骤来处理这个问题：
一、审查公司规章制度
确认规章制度合法性：您需要审查公司是否有关于迟到扣款的规章制度，并确认该制度是否合法，即是否违反了法律法规，是否侵犯了员工的合法权益。
检查规章制度公示情况：同时，您还需要确认该规章制度是否已经经过公示或明确告知了员工。如果规章制度未公示或未告知员工，那么公司不能依据此规章制度进行扣款。
二、与用人单位沟通协商
理清法律依据：在沟通之前，您可以先准备相关的法律法规条文，明确用人单位的扣款行为是否符合法律规定。
友好协商解决：在合适的时机，您可以与用人单位的人力资源部门或直接上级进行沟通，表达您对于迟到扣款不列入工资这一做法的异议，并希望按照合法合理的方式解决迟到问题。例如，您可以提出通过警告、培训等方式进行管理，而不是直接扣款。
三、向劳动监察部门投诉
收集证据：如果与用人单位的沟通无果，您需要收集相关的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、沟通记录等，以支持您的诉求。
提交投诉：然后，您可以向当地劳动监察部门提交书面投诉材料，详细说明用人单位的扣款情况，以便劳动监察部门进行调查核实。
四、申请劳动仲裁
仲裁准备：如果劳动监察部门处理后问题仍未解决，您可以准备劳动仲裁申请书及相关证据，向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。
参与仲裁：按照劳动争议仲裁委员会的安排参与开庭，陈述事实、举证质证，维护自己的合法权益。
五、提起诉讼（如需要）
诉讼条件：如果您对劳动仲裁结果不满意，可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。
诉讼流程：向法院提交起诉状和相关证据，积极参与庭审过程，配合法院查明事实，等待法院判决。
在整个维权过程中，您需要特别注意以下几点：
综上所述，面对因迟到被扣工资且扣款不列入工资的情况，您应首先审查公司规章制度的合法性，然后依据具体情况选择合适的维权途径，并注重证据的收集和程序的了解，以确保自己的合法权益得到有效保护。