员工迟到被扣款在特定条件下是合法的，但必须满足一系列条件，否则可能构成违法行为。以下是对此问题的详细分析：
合法扣款的情形
规章制度明确且合法制定：
- 用人单位必须依法建立和完善劳动规章制度，并在其中明确规定迟到的扣款标准。规章制度的制定应经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，规章制度应向劳动者公示或告知，确保员工知晓并理解相关规定。若满足这些条件，规章制度中关于迟到的具体扣款措施才具备合法基础。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了迟到扣款的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，则按照约定扣款也是合法的。
扣除金额合理：
- 扣除的工资部分不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，若员工当月工资为5000元，扣除迟到罚款后，剩余工资至少应为当地最低工资标准（假设为2000元），且扣除的罚款金额不应超过1000元（即5000元的20%）。
无特殊情况：
- 员工迟到若非因不可抗力等合理原因，而是无故迟到，则用人单位在合理范围内扣工资是合法的。
不合法扣款的情形
无规章制度依据：
- 如果用人单位没有制定相关的规章制度，或者规章制度中未明确迟到扣款的规定，则随意扣款是不合法的。
规章制度制定程序不合法：
- 如果规章制度的制定未经民主程序，或未向劳动者公示，则依据这样的规章制度扣款也是不合法的。
扣除金额过高或违反最低工资标准：
- 如果扣除的工资超过了劳动者当月工资的20%，或者扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，则这种扣款行为也是不合法的。
存在特殊情况：
- 如果员工迟到是因不可抗力等合理原因导致的（如自然灾害、突发疾病等），用人单位仍进行扣款则可能不合理且不合法。
法律依据与维权途径
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第四条规定了用人单位应建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第八十五条规定了用人单位在支付劳动报酬方面的义务和法律责任，包括未及时足额支付劳动报酬、低于当地最低工资标准支付工资等情形的处理。
维权途径：
- 如果员工认为用人单位的扣款行为不合法，可以先与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣款依据。
- 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如工资条、规章制度、劳动合同等，以证明用人单位的扣款行为不合法。
总结来说，员工迟到被扣款是否合法取决于用人单位的规章制度是否明确、合法制定，扣除金额是否合理，以及是否存在特殊情况。员工应了解自己的权益和义务，并在必要时采取合适的法律手段来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。