针对您提出的“程序违法实体怎么处理”这一问题，我们可以从法律的角度进行深入探讨。

首先，要明确的是，程序违法与实体违法是两个不同的概念。程序违法指的是行政机关在作出行政行为时，没有遵循法定的程序要求，比如未告知当事人权利、未听取当事人陈述申辩等。而实体违法则是指行政机关作出的行政行为在内容上违反了法律法规的规定。

在处理程序违法与实体违法的关系时，法律通常有明确的规定。以我国《行政诉讼法》为例，该法第54条规定，人民法院对违反法定程序的具体行政行为可以判决撤销或部分撤销，并可以判决被告重新作出具体行政行为。这意味着，在我国，如果行政机关的行为程序违法，法院可以直接以此为由判决撤销该行为，而无需进一步审查其实体内容是否合法。

然而，这并不意味着程序违法就完全排除了实体审查的可能性。在某些情况下，即使程序违法，法院也可能需要进一步审查实体内容，以确保判决的公正性和合理性。但一般来说，程序违法是构成撤销判决的独立条件，法院在发现程序违法时，通常会优先以此为由进行判决。

回到您提出的问题，当程序违法时，实体部分的处理通常取决于法院的判决。如果法院以程序违法为由撤销了行政行为，那么实体部分的处理就暂时搁置了。因为撤销判决意味着该行政行为自始无效，行政机关需要重新作出行政行为。在这个过程中，行政机关应当遵循法定的程序要求，确保新作出的行政行为在程序和实体上都合法合规。

当然，如果行政机关重新作出的行政行为在实体上仍然存在问题，当事人仍然有权提起行政诉讼，要求法院进行实体审查。但在此之前，程序违法的问题已经得到了解决，因为法院已经以程序违法为由撤销了原行政行为。

综上所述，程序违法时，实体部分的处理通常取决于法院的判决和行政机关的后续行为。法院会优先以程序违法为由进行判决，而行政机关则需要重新作出合法合规的行政行为。