针对您提出的“员工欠公司发票违法吗怎么处理”这一问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工欠公司发票这一行为本身并不直接构成违法，但它可能违反了公司与员工之间的合同约定或财务规定。在商业活动中，发票是记录交易、进行税务申报和抵扣的重要凭证，因此，及时、准确地开具和交付发票对于双方来说都至关重要。
接下来，我们探讨如何处理这一问题：
查看合同约定：
- 公司应首先审查与员工签订的合同或相关协议，确认其中是否对发票的开具和交付有明确规定。
- 如果合同中有明确规定，员工应按照约定及时开具并交付发票。若因疏忽未开，应尽快补开。
处理无开票资格的情况：
- 如果员工不具备自行开票的资格，可以携带合同、身份证明等相关资料去税务机关申请代开发票，并按照要求办理相关手续。
应对拒绝开票的情况：
- 如果员工拒绝开票，公司应首先进行书面催告，并保留好相关证据，如催告函、邮件记录等。
- 催告后，如果员工仍在合理期限内未开票，公司有权追究其违约责任，并要求其赔偿因未取得发票而造成的损失，如无法抵扣税款等。
协商与诉讼：
- 在追究违约责任和要求赔偿损失的过程中，公司应首先尝试与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 如果协商不成，公司可以通过诉讼途径来维护自身的合法权益。
综上所述，员工欠公司发票这一行为虽然不直接违法，但可能违反合同约定或财务规定。公司应通过查看合同约定、处理无开票资格的情况、应对拒绝开票的情况以及协商与诉讼等方式来妥善处理这一问题。希望这些解答能对您有所帮助。