用人单位不与劳动者签署劳动合同而是签订承包、转包协议，但双方之间符合劳动关系本质特征的，仍应认定为劳动关系。以下从法律背景、法律建议及可能的法律后果三个角度进行详细分析：

一、法律背景

根据原劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）第一条的规定，用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：

1. 主体资格合法：用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；
2. 存在管理与被管理关系：用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；
3. 劳动内容属于用人单位业务组成部分：劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。

在案例中，A公司与杨某之间虽然签订了承包、转包协议，但杨某的工作内容属于A公司某店的经营业务组成部分，门店通过APP考勤、视频监控、巡店等方式对杨某进行劳动管理和考核，B公司每月向杨某转账的“项目服务费”实际系杨某在A公司某店的计时劳动报酬。因此，A公司与杨某之间具有管理与被管理、支配与被支配的人身依附属性，符合劳动关系本质特征。

二、法律建议

1. 保留证据：劳动者在遇到此类情况时，应尽可能保留与用人单位之间存在管理与被管理关系的证据，如考勤记录、工作安排、工资支付记录等。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。
2. 申请劳动仲裁：如果劳动者认为与用人单位之间存在劳动关系，但用人单位未与其签订劳动合同，而是签订了承包、转包协议，劳动者可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求确认劳动关系并主张相应的劳动权益。
3. 咨询专业律师：在维权过程中，劳动者可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。律师将根据具体情况为劳动者提供专业的法律建议和帮助。

三、可能的法律后果

1. 支付双倍工资差额：如果用人单位未与劳动者签订劳动合同，但双方之间存在劳动关系，用人单位可能需要向劳动者支付双倍工资差额。
2. 补足工资低于最低工资标准的部分：如果劳动者的工资低于当地最低工资标准，用人单位需要补足差额部分。
3. 支付加班费：如果劳动者存在加班情况，用人单位需要按照法律规定支付加班费。
4. 承担工伤赔偿责任：如果劳动者在工作中受伤并被认定为工伤，用人单位需要承担全部工伤赔偿金额（注：根据社会保险法的规定，如果没有购买社保，员工被认定工伤的，企业要承担全部“工伤保险待遇”）。

综上所述，用人单位不与劳动者签署劳动合同而是签订承包、转包协议，但双方之间符合劳动关系本质特征的，仍应认定为劳动关系。劳动者在遇到此类情况时，应保留证据、申请劳动仲裁并咨询专业律师以维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。