在认定工伤时，若存在劳动关系争议，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 向劳动争议仲裁委员会申请仲裁：

   • 劳动者可向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，要求确认劳动关系。这是解决劳动关系争议的一种有效方式。
   • 仲裁委受理后，会对双方提供的证据进行审查判断，这些证据包括但不限于劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等，以此来确定劳动关系是否存在。
   • 若劳动者对仲裁结果不满意，可在规定期限内，向人民法院提起诉讼。法院会结合事实情况，依据相关法律规定作出最终判定。

2. 行政部门调查核实：

   • 在工伤认定程序里，社会保险行政部门也会对劳动关系进行调查核实。
   • 当存在劳动关系争议时，行政部门会根据调查结果，综合各方面情况进行认定，以保障劳动者的合法权益。

3. 证据收集与固定：

   • 劳动者应主动收集并固定与劳动关系相关的证据，如工资支付记录、考勤表、工作证、同事证言等，以证明事实劳动关系的存在。
   • 在申请劳动仲裁前，可向公证处申请证据保全，以增强证据的证明力。

4. 法律援助与咨询：

   • 若劳动者在处理劳动关系争议过程中遇到困难，可向当地司法局申请法律援助，由专业律师代理案件。
   • 劳动者也可直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

5. 后续工伤认定与赔偿：

   • 一旦劳动关系得到确认，劳动者可继续进行工伤认定程序，并依据工伤认定结果要求用人单位或工伤保险基金支付相应的工伤赔偿。
   • 若用人单位违法解除劳动合同，劳动者还可要求用人单位支付经济补偿金或赔偿金。

在处理工伤认定中的劳动关系争议时，劳动者应保持冷静，积极收集证据，并通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。