劳动关系有争议时，不能直接认定劳动关系，但可以通过法定程序进行确认。以下是对这一问题的详细分析：

一、劳动关系认定的法定程序

在我国，劳动关系的确认应遵循特定的法律程序和规定。当劳动者与用人单位之间就劳动关系是否存在产生争议时，双方应当依法向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。劳动争议仲裁委员会将依据相关法律法规和双方提供的证据材料，如劳动合同、工资支付凭证、工作证、考勤记录及证人证言等，来审查并判断双方是否存在劳动关系。仲裁裁决具有法律效力，对双方当事人均具有约束力。

二、劳动关系争议下的工伤认定

尽管劳动关系存在争议，但劳动者依然有权申请工伤认定。在申请过程中，社会保险行政部门会根据提供的材料和调查结果，决定是否受理及后续处理程序。若劳动关系争议无法在行政程序中解决，则需通过劳动争议仲裁或民事诉讼先确认劳动关系，再恢复工伤认定程序。

1. 行政程序中解决：在工伤认定过程中，如果社会保险行政部门认为劳动关系存在争议且无法直接确认，他们会要求申请人补充相关材料，或者依职权对劳动关系进行调查核实。如果能在行政程序中查明劳动关系事实，社会保险行政部门会继续进行工伤认定并作出决定。
2. 需通过仲裁或诉讼确定：如果劳动关系争议复杂，无法在行政程序中迅速解决，社会保险行政部门会中止工伤认定程序。此时，劳动者需要先通过劳动争议仲裁或者提起民事诉讼来确认劳动关系。待劳动关系得到确认的裁决或判决生效后，再恢复工伤认定程序。

三、劳动关系认定的关键要素与证据

在劳动关系认定过程中，法院或劳动争议仲裁委员会会综合考虑多个方面和多种证据，以确保认定的准确性和公正性。以下是一些关键要素和证据：

1. 双方合意：审查双方是否有建立劳动关系的明确意思表示，这通常通过劳动合同、招聘广告、应聘材料等证据来体现。
2. 主体适格：用人单位和劳动者需符合法律、法规规定的主体资格。例如，用人单位应是依法注册登记的企业或个体经济组织，劳动者应达到法定就业年龄且具备劳动能力。
3. 管理与被管理关系：劳动者需实际接受用人单位的管理、指挥或监督，这包括工作时间、地点、内容的安排，以及遵守用人单位的规章制度等。
4. 业务关联性：劳动者提供的劳动应是用人单位业务的组成部分。如果劳动者的工作内容与用人单位的业务紧密相关，甚至构成其核心或重要组成部分，则更可能认定为劳动关系。
5. 关键证据：劳动合同是最直接、最有力的证据；工资支付记录、工作证、服务证、考勤记录以及社保缴纳记录等也是证明劳动关系存在的重要证据。

四、劳动者的应对策略

面对劳动关系争议，劳动者不应放弃自己的合法权益。他们应当积极收集证据，如工作证、工资单、考勤记录等，以证明与用人单位之间的劳动关系。同时，及时向社会保险行政部门提出工伤认定申请（如涉及工伤），并配合相关部门的调查核实工作。如需在仲裁或诉讼中确认劳动关系，应积极参与，确保自己的权益得到维护。

总结来说，劳动关系有争议时不能直接认定，但可以通过劳动争议仲裁或民事诉讼等法定程序进行确认。在确认劳动关系的过程中，劳动者应积极收集证据并配合相关部门的调查核实工作，以维护自己的合法权益。如果您在劳动关系确认或工伤认定方面遇到任何问题，可以直接向我咨询。