社保缴纳基数5000元，实发工资3000元是否合法，需分情况讨论：
如果单位严格按照法律规定操作：
- 社保缴纳基数是根据职工上一年度月平均工资性收入来确定的，但有一个上下限范围，具体由当地社保政策规定。若5000元在该地区社保缴纳基数的合法范围内，且单位确实按照此基数为职工缴纳了社保，同时职工的应发工资（扣除社保、个税等前的工资）高于实发工资3000元，那么这种情况可能是合法的。因为实发工资会受到社保、个税、公积金等扣除项的影响，导致实发金额低于应发金额。
如果单位存在违规操作：
- 若单位为了降低社保缴纳成本，故意将社保缴纳基数设定为高于职工实际应发工资（扣除前）的数额，如本例中的5000元，而职工实际应发工资远低于此，且单位未按照职工实际应发工资来缴纳社保，那么这种行为就是不合法的。此外，如果单位在扣除社保、个税等后，导致职工实发工资低于当地最低工资标准，那么这也是不合法的。
针对您的情况，建议如下：
- 首先，您需要确认自己的应发工资（扣除社保、个税等前的工资）是多少，以及单位是否按照您的应发工资或当地社保政策规定的合法基数来为您缴纳社保。
- 其次，您可以查阅当地社保政策，了解社保缴纳基数的上下限范围，以及最低工资标准，以判断单位是否存在违规操作。
- 最后，如果您认为单位存在违规操作，导致您的合法权益受到侵害，您可以向单位提出异议，并要求单位进行纠正。如果单位不予理会，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
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