被查处没收的无证船只被烧毁，船主可以主张损失赔偿。具体分析如下：

1. 法律性质分析：

   • 被查处没收的无证船只，虽然属于违法或违规物品，但其作为船主的财产权益，在未经法定程序处理前，仍受法律保护。
   • 船只被烧毁，若是由执法机关在实施查处、没收过程中不当处置导致的，则构成对船主财产权的侵害，船主有权主张赔偿。

2. 赔偿主张依据：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规，行政机关在查处、没收过程中，应当遵循法定程序，并确保被查处物品的妥善保管和处理。
   • 若执法机关在查处、没收船只后，未按照法定程序进行妥善保管或处置，导致船只被烧毁，则构成对船主财产权的侵犯，船主可以基于侵权法律关系，向执法机关主张损失赔偿。

3. 赔偿范围与计算：

   • 赔偿范围通常包括船只的实际价值、因船只被烧毁导致的间接损失（如运营损失）等。
   • 赔偿计算需结合船只的购买成本、使用年限、折旧情况等因素综合考量。

4. 法律建议：

   • 船主在主张赔偿前，应收集相关证据，如船只购买凭证、被查处及烧毁的证据等。
   • 建议船主先与执法机关进行协商，协商不成时，可以通过法律途径提起诉讼，要求执法机关承担相应的赔偿责任。

综上所述，被查处没收的无证船只被烧毁，船主有权根据具体情况向执法机关主张损失赔偿。如有进一步的法律问题或需要详细的法律帮助，请直接向我咨询。