若停靠的“三无”船只被扣，船主应按照以下步骤处理：

1. 确认扣船主体与依据：

   • 首先，需要明确扣船的主体是海事部门、渔政部门还是其他相关执法机构。不同部门扣船的法律依据和程序可能有所不同。
   • 了解扣船的具体原因，如是否因违反渔业法规、航行安全规定或环保要求等。这有助于确定后续的处理方向和策略。

2. 配合调查与提供证据：

   • 船主应积极配合执法部门的调查，提供必要的文件和证据，如船舶所有权证明、船舶检验证书（如有）、航行日志等。
   • 如果船只因某些特殊原因（如紧急避险、救助等）而停靠，应向执法部门说明情况并提供相关证据。

3. 了解处罚措施与申诉途径：

   • 根据扣船的原因，执法部门可能会对船主进行罚款、没收船只或其他处罚。船主应了解具体的处罚措施和依据。
   • 如果船主认为处罚不当或存在误解，可以在规定时间内向执法部门提出申诉或申请行政复议。在申诉或复议过程中，提供充分的证据和理由以支持自己的观点。

4. 处理后续事宜：

   • 如果船只被没收或需要缴纳罚款，船主应按照执法部门的要求及时处理后续事宜，如缴纳罚款、办理船舶注销手续等。
   • 如果船主希望取回被扣船只，应了解取回的具体条件和程序，并按照要求办理相关手续。

5. 预防措施与合规建议：

   • 为避免类似情况再次发生，船主应确保船只符合所有相关法规和标准，如办理船舶登记、检验和保险等手续。
   • 定期对船只进行维护和检查，确保其处于良好的航行状态。
   • 遵守航行安全规定和环保要求，避免违法违规行为。

特殊情况说明：

• 如果船只因涉及刑事案件而被扣，船主应立即咨询专业律师，了解自己在刑事案件中的权利和义务，并配合司法机关的调查和处理。
• 在处理扣船事宜过程中，船主应保持冷静和理性，避免与执法部门发生冲突或争执。如有需要，可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。