针对您提出的“工程已结束2年，双方未执行缴纳履约保证金的约定，审计问题如何整改”的问题，以下是我的专业建议：

1. 明确法律责任与后果：

   • 首先，需明确双方在合同中关于履约保证金的约定，包括缴纳金额、时间、方式及违约责任等。
   • 分析未执行该约定可能带来的法律后果，如是否构成违约，是否需承担违约责任，以及是否影响工程的验收、结算等。

2. 评估审计风险与影响：

   • 评估因未执行履约保证金约定对审计工作可能产生的影响，如审计结论的准确性、审计报告的可靠性等。
   • 确定审计部门或机构对此问题的态度，以及可能提出的整改要求。

3. 制定整改方案：

   • 补缴履约保证金：与对方协商，尽快补缴履约保证金，以符合合同约定，并消除审计风险。
   • 修改合同条款：如双方同意，可协商修改合同条款，明确履约保证金的缴纳事宜，或取消该约定，并确保修改后的合同符合法律法规要求。
   • 加强内部管理：完善内部管理制度，确保类似问题不再发生，如建立履约保证金缴纳提醒机制、加强合同管理等。

4. 与审计部门沟通：

   • 主动与审计部门或机构沟通，说明未执行履约保证金约定的原因、整改措施及进度，争取审计部门的理解和支持。
   • 如审计部门提出具体整改要求，应积极响应并落实，确保审计工作的顺利进行。

5. 持续关注与跟进：

   • 在整改过程中，持续关注审计部门的反馈和意见，及时调整整改方案。
   • 整改完成后，及时向审计部门提交整改报告，并请求审计部门进行复核和确认。

综上所述，针对工程已结束2年双方未执行缴纳履约保证金的约定导致的审计问题，应从明确法律责任、评估审计风险、制定整改方案、与审计部门沟通以及持续关注与跟进等方面入手进行整改。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。