未干满三个月扣违约金是否合法，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般情况下的劳动合同：

   • 在普通的劳动合同中，除非存在特定的服务期约定或竞业限制条款，否则用人单位通常不得要求劳动者因未干满合同期而支付违约金。
   • 若合同未明确约定违约金条款，且劳动者的离职未给用人单位造成实际损失，则用人单位无权扣取违约金。

2. 服务期约定的情况：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》，若用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并与之约定了服务期，劳动者违反服务期约定离职时，需按约定支付违约金。
   • 但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

3. 竞业限制条款的情况：

   • 若劳动合同中约定了竞业限制条款，对负有保密义务的劳动者进行约束，劳动者违反该约定时，需按约定支付违约金。

4. 无违约金约定或法定情形的处理：

   • 若合同未约定违约金，且不存在法定需支付违约金的情形，劳动者离职时无需支付违约金。
   • 若劳动者的离职给用人单位造成了实际损失，用人单位可依法要求劳动者进行赔偿，但这并非违约金。

综上所述，未干满三个月扣违约金是否合法，需根据劳动合同的具体内容、法律规定及实际情况进行综合判断。若你面临此类问题，建议详细查阅劳动合同条款，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。