针对公司员工恶意欺诈金融债务的问题，公司应当采取一系列措施来妥善处理。以下是我作为律师给出的具体建议：

1. 立即调查并收集证据：

   • 公司应迅速启动内部调查，查明欺诈行为的具体事实，包括欺诈的金额、方式、时间等。
   • 收集相关证据，如交易记录、通信记录、财务报表等，以确保后续处理的合法性和有效性。

2. 依法处理欺诈员工：

   • 根据公司规章制度和劳动法律法规，对涉嫌欺诈的员工进行相应处理，如解除劳动合同、追究经济责任等。
   • 若欺诈行为构成犯罪，公司应及时向公安机关报案，协助司法机关进行刑事追诉。

3. 挽回损失并修复信用：

   • 公司应积极与金融机构沟通，协商解决方案，以挽回因欺诈行为造成的经济损失。
   • 同时，加强公司信用管理，通过公开声明、媒体沟通等方式，向外界展示公司处理此事的决心和措施，以修复公司信用。

4. 加强内部管理和防范：

   • 对公司现有的内部控制制度进行全面审查，查找漏洞并加以完善。
   • 加强员工法治教育和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业操守。
   • 建立健全举报机制，鼓励员工积极举报违法违规行为。

5. 考虑法律诉讼：

   • 若公司因欺诈行为遭受重大损失，且无法通过协商解决，可以考虑向法院提起民事诉讼，要求欺诈员工承担民事赔偿责任。

在处理过程中，公司应确保所有措施均符合法律法规的要求，避免引发新的法律风险。同时，公司也应保持与金融机构、司法机关等相关方的良好沟通，共同推动问题的妥善解决。若您在此过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律支持。