关于“中标通知书代理费谁出”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

结论前置

根据《招标投标法实施条例》及《国家发改委通知》的相关规定，招标代理服务费通常应由招标人支付。但在实际操作中，也存在双方通过合同约定由中标方支付或双方分担的情况。因此，具体谁出需依据招标文件及合同中的相关条款确定。

法律条文解读

1. 《招标投标法实施条例》第十四条：明确规定招标代理服务费应由招标人支付。
2. 《国家发改委通知》（发改价格〔2015〕299号）：指出政府项目必须招标方承担，企业项目可约定。这意味着在企业项目中，双方可以通过合同来约定代理费的支付方。

实际操作中的情况

1. 行业潜规则：尽管法律有明确规定，但在实际操作中，由于各种因素，如市场竞争、行业惯例等，有时会出现中标方实际支付代理费的情况。特别是在某些地区或行业，这已成为一种普遍现象。
2. 合同约定：在招标文件中，通常会明确代理费的支付方。但需要注意的是，有些招标文件可能会在后续合同补充协议中作出与招标文件不一致的约定，如“从中标价中扣除”等。因此，投标人在参与投标时，应仔细审查招标文件及合同中的相关条款。

建议与注意事项

1. 仔细审查招标文件：投标人在参与投标前，应仔细审查招标文件中的代理费支付条款，确保自己清楚了解代理费的支付方及支付方式。
2. 明确合同约定：在签订合同时，应明确代理费的支付方、支付时间及支付方式等关键条款，避免后续产生纠纷。
3. 保留证据：无论是招标人还是中标方，在支付代理费时，都应保留好相关证据，如支付凭证、发票等，以便在后续可能出现的纠纷中作为证据使用。

综上所述，中标通知书代理费的支付方需依据招标文件及合同中的相关条款确定。在实际操作中，双方应仔细审查相关文件，明确代理费的支付方及支付方式，以避免后续产生不必要的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。