灵活工时，通常指的是非标准工时制度，这在我国主要包括综合计算工时制度和不定时工作制度两种。对于这两种工时制度下的劳动时间认定，我们可以这样理解：
综合计算工时制度
定义与适用：
- 综合计算工时制度是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业部分职工，采用以周、月、季、半年、年为周期综合计算工作时间的一种工时制度。
- 其平均日工作时间和平均周工作时间应当与法定标准工作时间基本相同，即每日不超过8小时，每周不超过40小时。
劳动时间认定：
- 在综合计算工时周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过法定标准工作时间，但整个计算周期内的总实际工作时间不得超过总法定标准工作时间。
- 如果在计算周期内职工的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，则超过部分应视为延时加班，需按照相关法律法规支付加班工资。
不定时工作制
定义与适用：
- 不定时工作制是针对因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工所采用的一种工时制度。
- 实行不定时工作制的职工，其工作时间不固定，可由劳动者根据工作需要自主安排。
劳动时间认定：
- 由于工作时间不固定，不定时工作制下不执行加班加点有关加班工资支付的规定。
- 但这并不意味着不定时工作制的职工没有劳动时间的限制，用人单位仍应确保职工有合理的休息时间和休假权益。
注意事项
- 无论是综合计算工时制度还是不定时工作制，都需要用人单位向人力资源社会保障部门申请许可后方可实施。
- 用人单位在实行灵活工时制度时，应确保职工的劳动权益得到保障，包括合理的劳动报酬、休息休假等。
- 职工在灵活工时制度下也应遵守用人单位的规章制度，合理安排工作时间，确保工作任务的完成。
综上所述，灵活工时下的劳动时间认定需根据具体的工时制度（综合计算工时制度或不定时工作制）以及相关法律法规进行。用人单位和职工都应明确各自的权利和义务，确保劳动关系的和谐稳定。