针对您提出的“分公司盖章约定了仲裁条款但不让起诉总公司怎么办”的问题，我首先明确一点：分公司作为总公司的附属机构，其法律行为在一定程度上是可以代表总公司的，但具体还需根据合同内容、仲裁条款的具体约定以及相关法律法规来综合判断。

1. 分析仲裁条款的效力：

   • 首先，要仔细审查仲裁条款的具体内容，包括仲裁事项、仲裁机构、仲裁规则等，以确定其是否合法有效。
   • 如果仲裁条款明确约定了仅适用于分公司与特定相对方之间的争议，且未涉及总公司，那么该条款可能无法直接约束总公司。

2. 考虑分公司的法律地位：

   • 分公司作为总公司的分支机构，通常不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。
   • 因此，如果分公司签订的合同中包含了仲裁条款，但该条款并未明确排除总公司的责任，那么在特定情况下，总公司可能仍需承担相应的法律责任。

3. 探讨解决方案：

   • 如果您认为仲裁条款的约定存在不公平或不合理之处，且涉及总公司的责任，您可以尝试与对方协商修改合同条款，或者通过法律途径寻求救济。
   • 在协商无果的情况下，您可以考虑向有管辖权的法院提起诉讼，请求确认仲裁条款的效力或请求解决因仲裁条款引发的争议。但请注意，这需要根据具体的法律法规和案件情况来判断。

4. 法律建议：

   • 在处理此类问题时，建议您充分了解相关法律法规和合同条款的具体内容，以便更好地维护自己的合法权益。
   • 如有必要，您可以寻求专业律师的帮助，以便获得更具体的法律建议和支持。

综上所述，分公司盖章约定的仲裁条款并不必然排除对总公司的起诉。具体能否起诉总公司，还需根据仲裁条款的具体内容、分公司的法律地位以及相关法律法规来综合判断。如果您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。