劳动合同关系认定并不直接适用三年起诉时效，而是适用一年仲裁时效。具体分析如下：
在处理劳动合同关系相关争议时，需要遵循“仲裁前置”的原则，即劳动者与用人单位之间若发生劳动争议，必须先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，只有在对仲裁裁决不满的情况下，才能向人民法院提起诉讼。
一、劳动仲裁时效
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间原则上为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这一时效规定旨在促使当事人及时行使权利，避免争议长期悬而未决。在时效期内，如果存在以下情形，会对仲裁时效产生影响：
仲裁时效中断：当事人在时效期内向对方当事人主张权利、向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务，仲裁时效将中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算一年。
仲裁时效中止：因不可抗力（如自然灾害）或有其他正当理由导致当事人无法在时效期内申请仲裁的，仲裁时效将中止。中止时效的原因消除后，仲裁时效期间继续计算。
特殊情况：对于劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生的争议，劳动者申请仲裁不受一年时效期间的限制。但是，劳动关系终止后，劳动者应自劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。
二、诉讼时效
如果对劳动仲裁结果不服并决定向法院提起诉讼，则需遵循民事诉讼的相关规定。一般情况下，劳动合同纠纷的诉讼时效期间为三年，但这并非直接适用于劳动争议的起诉时效。对于劳动仲裁裁决不服而提起的诉讼，其起诉期限有特别规定，即当事人自收到仲裁裁决书之日起十五日内必须向人民法院提起诉讼。
综上所述，劳动合同关系相关争议的解决需严格遵守仲裁前置程序和相应的时效规定。如果你在劳动关系方面遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。