针对您提出的问题“挖机在船上操作是否违规以及如何处罚”，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，挖机在船上进行操作是否违规，主要取决于这种操作是否违反了相关的水上交通安全管理规定。从您提供的参考信息中，我们可以看到《内河交通安全管理条例》对于在内河通航水域进行的有关作业有明确的规定，并要求相关作业需要按照规定进行备案。如果未按照规定备案，则可能构成违规。

具体到挖机在船上的操作，如果这种操作属于“可能影响内河通航水域交通安全的其他行为”，比如涉及到船舶的稳定性、航行安全或者可能产生明火等风险，那么就需要按照相关规定进行备案，并确保操作符合安全要求。如果未进行备案或者操作不符合安全要求，那么就可能被视为违规操作。

关于处罚方面，根据《内河交通安全管理条例》第七十条的规定，对于在内河通航水域进行有关作业不按照规定备案的，将责令改正，并处以5000元以上5万元以下的罚款。这意味着，如果挖机在船上的操作被认定为违规，并且未按照规定进行备案，那么相关责任方将面临上述的行政处罚。

综上所述，挖机在船上进行操作是否违规，需要根据具体情况来判断。如果操作涉及到水上交通安全，那么就需要按照相关规定进行备案，并确保操作符合安全要求。如果违规操作被查处，将面临相应的行政处罚。因此，建议在进行此类操作前，务必咨询相关部门或者专业人士，确保操作的合法性和安全性。