当复议机关已确认行政复议程序存在违法情形时，法院的处理方式主要依据相关法律法规进行，并会充分考虑程序违法对申请人权益的实际影响。以下是对法院可能处理方式的详细阐述：

一、确认违法但不撤销原决定

如果行政复议程序的违法情形并未对申请人的实体权益造成实质影响，或者属于程序轻微违法，根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，法院可能会判决确认复议程序违法，但不撤销原行政复议决定。这样的判决既指出了复议程序中的问题，又维护了行政行为的稳定性。

二、撤销原决定并责令重新作出

如果行政复议程序的违法情形严重，影响了复议结果的公正性，或者侵犯了申请人的合法权益，法院可能会判决撤销原行政复议决定，并责令复议机关重新作出复议决定。在重新作出复议决定时，复议机关必须严格遵守法定程序，确保复议结果的公正性和合法性。

三、采取其他补救措施

除了上述两种处理方式外，法院还可以根据具体情况，采取其他补救措施来保障申请人的合法权益。例如，如果复议机关在复议过程中未充分听取申请人的陈述和申辩，法院可以责令复议机关重新进行复议，并确保申请人的知情权和参与权得到保障。

四、法律责任与处分

对于复议机关及其工作人员在复议过程中的违法行为，法院在判决中也会予以指出，并可能建议相关部门对责任人进行行政处分或追究法律责任。这有助于维护行政程序的合法性和公正性，防止类似违法行为再次发生。

实际操作建议

1. 明确诉讼请求：申请人在向法院提起诉讼时，应明确诉讼请求，即要求法院确认复议程序违法，并根据实际情况要求撤销原决定或责令重新作出决定。
2. 提供充分证据：申请人应提供充分的证据证明复议程序的违法性，包括复议机关的程序违法行为、对申请人权益的影响等。
3. 关注法院判决：在法院作出判决后，申请人应仔细阅读判决书，了解法院的处理方式和理由，并根据判决结果采取相应的后续行动。

综上所述，当复议机关已确认行政复议程序存在违法情形时，法院会根据相关法律法规和实际情况进行妥善处理，以维护申请人的合法权益和行政程序的合法性与公正性。