首先，我要明确告诉你，如果对方通过不合法手段获取你的个人建设工程规划许可证并提交法院，以此为基础打赢官司，这是一个非常严重的问题。这不仅涉及到你的个人权益被侵犯，还涉及到法律程序的公正性和合法性。

1. 法律程序的公正性：

   • 法院在审理案件时，依赖的是双方提供的合法、真实、有效的证据。如果对方通过不合法手段获取证据，这首先就违背了法律程序中的公正性原则。
   • 你可以向法院提出证据非法性的质疑，要求法院排除该非法证据，并可能对对方的诉讼行为进行调查和处理。

2. 你的个人权益：

   • 建设工程规划许可证是你的重要财产权益证明，被他人非法获取并利用，可能导致你的合法权益受到严重损害。
   • 你有权要求法院保护你的合法权益，包括但不限于要求对方返还非法获取的证据、赔偿因此造成的损失等。

3. 可能的法律后果：

   • 如果对方的行为被证实为非法获取证据，法院可能会撤销原判决，重新审理案件。
   • 对方可能会因其非法行为面临法律责任，包括但不限于罚款、拘留等行政处罚，甚至可能构成刑事犯罪。

4. 你的应对策略：

   • 立即向法院提出异议，指出对方证据的非法性，并要求法院进行相应处理。
   • 积极收集并提交你自己的合法证据，以证明你的权益和对方的非法行为。
   • 考虑寻求专业律师的帮助，以便更好地维护你的合法权益和应对复杂的法律程序。

综上所述，对方通过不合法手段获取你的个人建设工程规划许可证并提交法院打赢官司，这是一个非常严重的问题。你应该立即采取行动，向法院提出异议，并积极维护自己的合法权益。如果你需要进一步的法律帮助或咨询，请随时联系我，我作为专业律师，将竭诚为你提供支持和建议。