针对您提出的问题，即对方通过不合法手段获取个人建设工程规划许可证并因此打赢官司，法院会如何处理对方，以下是我的详细解答：

首先，我要明确的是，如果对方通过不合法手段获取了建设工程规划许可证，并因此赢得了官司，这并不意味着其行为就得到了法律的认可和保护。法院在处理此类案件时，会综合考虑多种因素，并依法作出公正裁决。

1. 法院对不合法手段的审查：

   • 法院在审理案件过程中，会对双方提交的证据进行全面、细致的审查。如果发现对方是通过欺骗、伪造、贿赂等不合法手段获取了建设工程规划许可证，那么这些证据将被视为无效。
   • 法院可能会依职权或根据当事人的申请，调查取证，以核实对方获取许可证的合法性。

2. 对不法行为的法律后果：

   • 如果法院确认对方存在不合法获取许可证的行为，那么对方可能会面临法律上的制裁。这包括但不限于撤销原判、罚款、甚至刑事责任等。
   • 同时，对方的不法行为也可能导致其在后续的法律程序中处于不利地位，例如，在合同履行、权益保护等方面受到限制或排斥。

3. 对您的权益保护：

   • 作为受害方，您可以向法院提出申诉或上诉，要求撤销原判，并追究对方的法律责任。
   • 您还可以要求对方赔偿因不法行为给您造成的经济损失和精神损害。

4. 法律建议：

   • 我建议您尽快收集相关证据，包括对方不合法获取许可证的证据、您因此遭受损失的证据等。
   • 您可以考虑聘请专业的律师团队，为您提供法律咨询和代理服务，以确保您的权益得到充分保护。

综上所述，如果对方通过不合法手段获取了建设工程规划许可证并因此赢得了官司，法院在查明事实后，会依法对其不法行为进行制裁，并保护您的合法权益。您不必过于担心，只要及时采取措施，积极维护自己的权益，相信法律会给您一个公正的裁决。