未取得建设工程规划许可证进行建设的案件难点主要体现在以下几个方面：
一、法律后果的严重性
行政处罚：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，未取得建设工程规划许可证进行建设，城乡规划主管部门将责令停止建设。对于尚可采取改正措施消除影响的，将限期改正，并处以建设工程造价百分之五至百分之十的罚款；对于无法改正的，将限期拆除，若不能拆除，则没收实物或违法收入，并可处以建设工程造价百分之十以下的罚款。这种行政处罚对建设单位或个人来说，经济损失和声誉损害都是巨大的。
民事法律风险：未取得建设工程规划许可证的建设行为可能导致与建设相关的合同（如施工合同、租赁合同）无效，从而引发合同双方的民事纠纷。此外，违法建设还可能侵犯相邻权人的权益，如通风、采光、通行等，导致相邻权人提起民事诉讼，要求排除妨碍并赔偿损失。
刑事法律风险：在极端情况下，如果未取得建设工程规划许可证的建设行为导致重大安全事故或造成人员伤亡、重大财产损失，相关责任人可能涉嫌刑事犯罪，如工程重大安全事故罪等，并需承担刑事责任。
二、案件处理的复杂性
调查取证难：未取得建设工程规划许可证的建设行为往往具有隐蔽性，调查取证工作难度较大。执法人员需要深入现场，进行详细的勘验和询问，并可能需要借助第三方机构进行面积测绘、工程造价评估等，以确保案件事实的清楚和证据的充分。
法律适用难：在处理未取得建设工程规划许可证的建设案件时，需要综合考虑法律法规的适用问题。不同地区的城乡规划法规可能存在差异，且案件的具体情况也各不相同，因此如何准确适用法律、把握裁量权，对执法人员提出了较高的要求。
协调沟通难：未取得建设工程规划许可证的建设案件往往涉及多个部门、多个利益主体，如城乡规划主管部门、土地管理部门、建设单位、施工单位、相邻权人等。在处理案件过程中，需要协调各方利益，沟通协商，以达成妥善的解决方案。
三、建议与应对
加强法律意识：建设单位或个人应增强法律意识，了解城乡规划法规的相关规定，确保在建设前依法办理建设工程规划许可证。
完善内部管理：建设单位应建立完善的内部管理制度，加强对建设项目的管理和监督，确保项目的合法性和合规性。
积极配合调查：如已发生未取得建设工程规划许可证的建设行为，建设单位或个人应积极配合城乡规划主管部门的调查和处理工作，主动采取措施消除影响，争取减轻处罚。
寻求专业帮助：在处理未取得建设工程规划许可证的建设案件时，建设单位或个人可以寻求专业律师的帮助，以便更好地了解法律法规、维护自身权益。
综上所述，未取得建设工程规划许可证进行建设的案件难点主要体现在法律后果的严重性和案件处理的复杂性两个方面。因此，建设单位或个人应务必遵守城乡规划法规的相关规定，确保建设行为的合法性和合规性。如已发生违法建设行为，应积极配合调查和处理工作，并寻求专业帮助以维护自身权益。