当员工医疗期结束但治疗仍未结束时，这是一个涉及员工权益和用人单位责任的问题。根据我国相关法律法规，以下是一些建议来处理这种情况：
首先，要明确的是，医疗期是指员工因疾病或非因工负伤而需要暂停工作接受治疗并休息的期间。在此期间，用人单位不得单方面解除与员工的劳动合同。然而，当医疗期结束后，员工的治疗仍未结束，用人单位和员工需要共同面对并妥善处理这一问题。
对于用人单位来说，有几种可能的处理方式：
与员工进行沟通和协商：
- 用人单位应与员工进行充分的沟通，了解员工的身体状况和治疗进展。
- 双方可以共同商讨如何妥善处理接下来的事务，包括是否继续治疗、如何安排工作等。
考虑员工的身体状况和工作能力：
- 如果员工由于身体原因无法胜任原来的工作岗位，同时也无法适应用人单位为其重新安排的其他工作岗位，用人单位在严格遵守法定程序的前提下，有权解除与员工的劳动合同，但必须向员工支付相应的经济补偿金。
- 如果员工能够提供确凿的证据证明自己仍然需要接受治疗，并且有足够的正当理由继续请假，用人单位应该给予适当的考虑，并可能需要延长医疗期或按照事假处理。
参照劳动合同的约定执行：
- 如果劳动合同中有关于医疗期期满后如何请假以及如何发放工资标准的相关约定，双方应参照劳动合同的约定执行。
关注公司内部规章制度：
- 用人单位应关注公司内部规章制度中是否有关于事假的限制性条件，并与员工协商确定休假的性质以及工资标准。
对于员工来说，也有一些需要注意的事项：
妥善保管医疗证明和诊疗记录：
- 员工应妥善保管所有相关的医疗证明和诊疗记录，以便在必要的时候作为参考和证据。
遵守公司规章制度和程序：
- 员工在医疗期结束后仍需继续治疗时，应及时与用人单位联系并协商处理方案。
- 员工应遵守公司的规章制度和程序，避免擅自脱岗或未经审批继续休假治疗，以免给自己带来不必要的风险。
综上所述，当员工医疗期结束但治疗仍未结束时，用人单位和员工应共同面对并妥善处理这一问题。通过充分的沟通和协商，双方可以找到一个既保障员工权益又符合用人单位利益的解决方案。