退役军人入职公司，协商离职的时候，军龄是可以计算工龄的。具体分析如下：

根据相关政策规定，转业、复员、退伍军人的军龄，应与参加企业、事业或国家机关工作时间合并计算为连续工龄。这一规定适用于由国家分配到企业、事业或国家机关工作的退伍军人，也适用于自主就业后自行找到工作的退伍军人。因此，在协商离职时，退役军人的军龄应被计入工龄，作为计算离职补偿、退休金等权益的依据。

举例来说，如果一位退役军人入伍5年后退伍，并随即在一家公司工作，工作了10年后与公司协商离职。那么，在计算离职补偿等权益时，他的工龄应被认定为15年（5年军龄+10年工作年限）。

综上所述，退役军人的军龄在入职公司并协商离职时，是应被计入工龄的。如有任何疑问或需要进一步了解相关法律规定，请直接向我咨询。